Trường Trung học phổ thông dân lập Nguyễn Bỉnh Khiêm được thành lập theo quyết định 3073/QĐ-UB ngày 19 tháng 8 năm 1993 của Uỷ Ban nhân dân thành phố Hà Nội. Khi thành lập, trường có tên là : “ Trường phổ thông dân lập cấp 2-3 Nguyễn Bỉnh Khiêm”.

Từ chỗ những năm đầu thành lập trường phải đi thuê địa điểm dạy học. Đến tháng 10 năm 2002, thành phố quyết định giao cho trường 7100m2 đất tại phố Trần Quốc Hoàn (phường Dịch Vọng). Được sự giúp đỡ của quận Cầu giấy và phường Dịch Vọng, đến tháng 10 năm 2003 trường hoàn thành giải phóng mặt bằng trên mảnh đất được giao. Trong hai năm 2004 và 2005 đầu tư 26 tỉ đồng thực hiện dự án xây dựng trường. Tháng 9 năm 2005 hoàn thành cơ bản việc xây dựng và tổ chức khai giảng năm học 2005 - 2006 tại ngôi trường mới.

Trải qua lịch sử 16 năm xây dựng và phát triển trường đã có một cơ sở vật chất bề thể, hiện đại, một số hạng mục mang đẳng cấp Quốc tế đáp ửng đầy đủ nhu cầu dạy và học, hoạt động ngoại khoá, văn hoá, văn nghệ, TDTT cho CBCNV,  giáo viên và học sinh trong toàn trường.

Nhà trường toạ lạc trên vùng dân cư đông đúc, trình độ văn hoá phát triển cao, có nhiều trường ĐH học hàng đầu Việt Nam. Nhà trường có một cảnh quan sư phạm thân thiện, hiện đại và sạch đẹp.

Nhà trường có các phòng học sạch đẹp, các phòng học chức năng hiện đại và đẳng cấp. Trường Nguyễn Bỉnh Khiêm đã phát động phong trào trường sạch, lớp sạch trong toàn thể CBCNV, giáo viên và học sinh.

Nhà trường có hệ thống sân chơi sạch đẹp, thoáng mát, đáp ứng nhu cầu “chơi mà học” của học sinh.

Nhà trường có một phòng trung tâm hỗ trợ dạy học với các trang thiết bị hiện đại, đáp ứng đầy đủ nhu cấu dạy và học, ứng dụng CNTT, đổi mới phương pháp dạy học, phát huy tính tích cực chủ động và sáng tạo của mỗi học sinh.

Nhà trường có phòng thư viện đầy đủ các loại sách, các tài liệu tham khảo và một thư viện điện tử phát huy hiệu quả giáo dục.

Phòng truyền thống nhà trường là nơi lưu giữ những kỉ vật, những thành công của nhà trường suốt 16 năm qua và cũng là nơi để phục vụ công tác giáo dục truyền thống Nguyễn Bỉnh Khiêm trong học sinh toàn trường.